Nach dem Abstieg wurde im Sommer 2000 mit Werner Koch ein neuer Trainer für die Senioren verpflichtet. Mit ihm gelang der sofortige Wiederaufstieg in die Landesliga. In der ersten Saison nach dem Wiederaufstieg belegte die I. Mannschaft einen sicheren Platz im Tabellenmittelfeld.

Bereits im 2. Landesligajahr schaffte die Mannschaft im Sommer 2003 den Aufstieg in die Verbandsliga. Die II. Mannschaft mit ihren vorwiegend jungen Spielern hatte inzwischen seit Jahren ihren festen Standort zwischen Platz 2 und 3 der Tabelle eingenommen.

Leider hat es in der Saison 2003/2004 für die Senioren in der Verbandsliga nicht zum Klassenerhalt gereicht. Nach nur 6 Punkten in der Hinrunde (viele Langzeitverletzte, dadurch einige unerfahrene Spieler in der neuen Liga als Stammspieler im Einsatz) schaffte die Mannschaft in der Rückrunde immerhin noch beachtliche 20 Punkte und damit den Anschluss an die Nichtabstiegsränge. Am Ende reichte es dann aber doch nicht ganz, so dass der Weg zurück in die Landesliga führte.

Die Saison 2004/2005 war für die Landesliga-Mannschaft von Abstiegskampf geprägt. Neu-Trainer Didi Wedegärtner, der Werner Koch ablöste, vereinbarte mit dem SVH im November eine vorzeitige Trennung. Nachfolger wurde Siggi Kaiser. Erst am letzten Spieltag sicherte sich sein Team in einem Herzschlag-Finale die Klassenzugehörigkeit. Dabei fehlten dem Konkurrenten SC Vlotho nur 3 Minuten, um mit einem 1:0-Sieg selbst die Klasse zu halten, doch Gegner RW Maaslingen gewann noch 2:1 und sicherte dem SVH den rettenden 13. Platz. Immerhin war der SV Höxter nun im zweiten Jahr der klassenhöchste Verein im Fußballkreis Höxter.

Die Zweite Mannschaft startete in der Kreisliga A sehr durchwachsen in die Saison und war nur knapp oberhalb von den Abstiegsrängen zu finden. Die Rückrunde verlief aber deutlich besser, so dass am Saisonende doch noch ein ordentlicher Rang 6 heraussprang, mit dem man jedoch hinter den Erwartungen zurück blieb.

Die A-Junioren konnten nach ebenfalls verkorkster Hinrunde mit dem zur Rückserie neu gekommenen Trainer Jens Dierkes noch recht souverän den Klassenerhalt in der Bezirksliga schaffen. Die B-Jugend wurde ebenfalls in der Bezirksliga 7., die C-Junioren holten gar die Vizemeisterschaft in der Bezirksliga. Insgesamt waren 14 Jugendmannschaften des SV Höxter am Start.

In vielen Punkten glich die Saison 2005/2006 der Vorsaison. Die Landesliga-Mannschaft mit Trainer Thomas Viehöfer kämpfte von Anfang an in der ungewohnten Staffel 5 gegen den Abstieg. Nachdem es zur Mitte der Rückrunde schon so aussah, als sollte der SVH den Gang in die Bezirksliga nicht mehr verhindern können, schaffte die Mannschaft dann noch wie im Vorjahr am letzten Spieltag den Klassenerhalt.

Wie im Vorjahr verlief die Hinrunde für die zweite Mannschaft in der Kreisliga A nicht so rund. Trainer Michael Vogt und seine Jungs steigerten sich aber in der zweiten Saisonhälfte und erreichten schließlich einen durchschnittlichen 7. Rang.

Die A-Jugend mit Trainer Rudi Hake spielte nach verkorkster Hinserie eine hervorragende Rückrunde und wurde noch 5. in der Bezirksliga. Die B-Jugend von Trainer Richard Soethe belegte zum Ende der Bezirksliga-Saison den 7. Rang, die C-Junioren-Bezirksliga-Mannschaft von Klaus Rössing wurde am Ende guter 4.

Die Saison 2006/2007 war geprägt von Trainerwechseln bei der ersten Mannschaft. Nachdem Neu-Trainer Rüdiger Kauf bereits nach nur 3 Wochen wegen einer schweren Knieverletzung das Handtuch schmeißen musste, übernahm B-Jugend-Trainer Richard Soethe für 4 Wochen als Interimlösung die Mannschaft und wurde dann vom nächsten Interims-Coach Sören Weinfurtner abgelöst. Unter Weinfurtner fing sich die anfangs erfolglose Mannschaft und konnte den einen oder anderen Punkt sammeln. Im Oktober trat dann Detlev Redeker als neuer Trainer den Kampf gegen den Abstieg an, doch aufgrund anhaltender Erfolglosigkeit trennte man sich im März 2007 wieder von Redeker und Sören Weinfurtner übernahm für den Rest der Serie erneut das Zepter. Nachdem das Team eigentlich eine recht gute Ausgangsposition im Abstiegskampf zu haben schien, ging zum Ende der Saison dann offensichtlich die Puste aus und die Mannschaft verlor die entscheidenden Spiele. Am letzten Spieltag hätte ein Sieg gereicht, doch eine 2:6-Niederlage gegen den SSV Meschede bei parallelem Sieg der Warburger SF 08 bedeutete den Abstieg in die Bezirksliga.

Auch bei der zweiten Mannschaft begann die Saison turbulent: Trainer Michael Vogt gab völlig überraschend kurz vor Beginn der Serie bekannt, nicht mehr zur Verfügung zu stehen. Gerüchte über eine Auflösung der II. waren im Umlauf. Doch mit dem neuen Trainer Dieter Hasenbein schnitt die Mannschaft besser ab als von vielen erwartet und belegte am Ende den 10. Rang.

Rudi Hakes A-Jugend spielte eine gute Saison und belegte am Ende den 3. Platz in der Bezirksliga. Die B-Jugend von Trainer Richard Soethe kämpfte lange mit um die Tabellenspitze, schaffte aber letztendlich nicht den ganz großen Coup und belegte ebenfalls am Ende der Bezirksliga-Saison den 3. Rang. Die C-Junioren-Bezirksliga-Mannschaft von Klaus Rössing erlebte eine rabenschwarze Saison und musste leider als Vorletzter den Gang zurück in die Kreisliga A antreten.

Die erste Bezirksliga-Saison unter dem neuen Trainer Norbert Dölitzsch verlief wechselhaft. Die Mannschaft war in die Saison 2007/2008 mit dem Ziel gegangen, unter die ersten Fünf zu kommen. Auf Platz 5, 6 oder 7 hielt man sich auch über die gesamte Hinserie, rutschte dann aber nach und nach einige Plätze bis auf Rang 9 ab. Mit einem guten Saisonfinale kletterte das Team dann aber doch noch auf Rang 5 und konnte so das gesteckte Ziel erreichen. Wichtig war nach dem Abstieg vor allem, wieder einmal eine konstante Saison spielen zu können, die nicht von Trainerwechseln oder Abstiegsangst geprägt war.

Nicht besonders rosig verlief die Saison für die zweite Mannschaft. Mit nur 7 Punkten stieg die Hasenbein-Elf als Tabellenletzter in die B-Liga ab. Heftige Personalprobleme stellten die Verantwortlichen regelmäßig vor die Frage, wer am Wochenende für die Reserve auflaufen wird. Häufig stand eine Mannschaft auf dem Platz, die kein A-Liga-Niveau hatte und teils derbe Niederlagen einstecken musste. So standen am Ende nur 2 Siege und 1 Unentschieden auf dem Papier.

Bei den A-Junioren startete Rudi Hake als Trainer in die Bezirksliga-Saison. Doch im Oktober trat Hake von seinem Amt zurück und Michael Vogt übernahm das Ruder. Am Ende der Saison belegte die Mannschaft Platz 7 in der Liga, stellten dabei aber bereits regelmäßig Spieler für die erste Mannschaft. Die B-Junioren von Richard Soethe gingen als Tabellenfünfter der Bezirksliga über die Ziellinie. Insgesamt waren 13 Junioren-Mannschaften gemeldet, die B2 musste jedoch während der Saison zurück gezogen werden.

Im zweiten Bezirksliga-Jahr, der Saison 2008/2009, belegte die Mannschaft von Trainer Norbert Dölitzsch am Ende einen guten dritten Platz. Mit 80 Toren stellte sie zudem den schlagkräftigsten Sturm der Liga und mit Umut Gün den besten Torschützen (25 Treffer). Eine Zeit lang konnte auch vom Aufstieg geträumt werden, doch einige Unentschieden zu Beginn der Rückserie beendeten diesen Traum recht bald.

Die zweite Mannschaft musste nach dem Abstieg in Kreisliga B einen starken Umbruch verkraften. Trainer Andreas Niemann konnte in den Hinserie nur eine Mannschaft aufbieten, die sich recht bald im unteren Mittelfeld der Liga wiederfand und schließlich auf einen Abstiegsplatz rutschte. Nachdem ein erneuter Abstieg scheinbar kaum mehr zu verhindern war, krempelten die Jungs aber die Ärmel hoch und zogen sich nach und nach aus dem Schlamassel. Der Nichtabstieg konnte aber aufgrund der immer wieder punktenden Konkurrenz erst am letzten Spieltag mit einem Heimsieg gegen den TuS Lütmarsen gefeiert werden.

Die Ü50 des SVH konnte mit dem Sieg bei den Westfalenmeisterschaften einen tollen Erfolg feiern. Im August wurde beim Turnier in Oelde im Endspiel der Erler SV im Neunmeterschießen besiegt.

Die A-Jugend musste mit einem kräftigen Spieleraderlass kämpfen und wurde vorsorglich nicht für die Bezirksliga gemeldet. Trotz der Probleme stand das Team von Michael Vogt aber die Saison durch und belegte am Ende in der Kreisliga Staffel einen guten 3. Platz. Als letzte überkreislich spielende Mannschaft musste auch die B-Jugend am Ende den Gang in die Kreisliga antreten. Am Ende reichte es für das Team von Richard Soethe nicht für Klassenerhalt, wenngleich auch äußerst knapp und unglücklich. 11 Jugendmannschaften waren in dieser Saison insgesamt beim SV Höxter aktiv.

Am Ende der dritten Saiosn (2009/2010) in der Bezirksliga stand der Wiederaufstieg in die Landesliga. Die Elf von Norbert Dölitzsch kam zuerst nicht recht in Schwung, legte dann aber vor allem eine grandiose Rückserie hin und stieg am Ende unangefochten mit 11 Punkten Vorsprung vor dem TuS Erkeln auf. Sicher war der Aufstieg bereits am 13.05.2010 nach dem 3:1-Sieg in Horn-Bad Meinberg, da der bis dahin härteste Verfolger VfB Beverungen parallel mit 4:0 in Warburg unterlag. Am Ende der Saison stellte man mit 74 Treffern und 29 Gegentoren den besten Sturm und die beste Abwehr der Liga. Nachdem der SVH bereits im März die Trennung von Trainer Dölitzsch zum Saisonende bekannt gegeben hatte, wurde etwas später Nachfolger Heinz von Kölln präsentiert.

Wieder eine schwere Saison war es für die zweite Mannschaft des SVH. Trainer Andreas Niemann und sein Team konnten erst wenige Spieltage vor Schluss den Nichtabstieg aus der Kreisliga B sicherstellen, machten es dabei aber nicht ganz so spannend wie im Jahr zuvor. 35 Punkte hatte die Zweite am Schluss auf dem Konto und belegte den 13. von 18 Rängen (4 Absteiger). Die immer wieder sehr dünne Personaldecke zwang Niemann häufig zum kurzfristigen Umdisponieren. 51 erzielten standen 78 kassierte Treffer gegenüber.

Die Jugendmannschaften spielten allesamt in Kreisligen und konnten sich nicht für Aufstiegsrunden qualifizieren. 11 Mannschaften wurden am Anfang gemeldet, jedoch musste die C2 zurückgezogen werden.