In der folgenden Saison 1990/91 wurden die A-Junioren Meister der Bezirksliga und stiegen in die Landesliga auf. Die B-Junioren wurden immerhin Dritter in der Bezirksliga und die C-Junioren waren erneut Zweiter hinter Paderborn. Die Senioren starteten mit einem 5:0 Kantersieg gegen den hohen Meisterschaftsfavoriten Bad Oeynhausen in die Landesliga und belegten am Ende einen hervorragenden 2. Tabellenplatz.

Gleich nach der ersten Saison in der Landesliga mussten die A-Junioren 1992 den Weg zurück in die Bezirksliga antreten. Die Senioren spielten noch immer eine gute Rolle in der Landesliga.

In der Saison 1993/94 wurde die recht gute Mannschaft des SV Höxter u.a. durch den Exprofi Thomas Sagel und den vom TuS Paderborn kommenden Waldemar Wierzbanowski gezielt verstärkt und war nach den ersten Spielen der Saison ein ernstzunehmender Aufstiegskandidat. Durch einen Einspruch des TuS Bad Driburg und ein darauf folgendes Urteil der Verbandsgerichte, das auch heute noch nicht nachzuvollziehen ist, wurden dem SV im Herbst 1993 elf Punkte abgezogen. Dadurch wurde aus dem Aufstiegskandidaten urplötzlich ein Kandidat für den Abstieg, der am Ende aber doch noch vermieden werden konnte.

1995 entstand aus einer Thekenmannschaft der neue Verein Phönix Höxter. Da sich auch einige Spieler der 3. Mannschaft dorthin gezogen fühlten, reichte die Spielerdecke fortan nur noch für 2 Seniorenmannschaften. In dieser Saison spielten die A- bis C-Junioren weiterhin in der Bezirksliga. Insgesamt umfasste die Jugendabteilung von der A- bis zur F-Jugend inzwischen 8 Mannschaften.

1997 schafften die B-Junioren den Aufstieg in die Landesliga. Die Senioren spielten ebenfalls in der Landesliga, allerdings im unteren Mittelfeld.

1998 erwischte es die C-Junioren. Nach vielen Jahren mussten sie erstmals wieder in die Kreisliga zurückkehren.

1999 belegten die Senioren einen unteren Tabellenplatz in der Landesliga. Die II. Senioren war inzwischen in die Kreisliga A aufgestiegen. So konnten die aus der A-Jugend kommenden Spieler, die nicht sofort den Sprung in die I. Mannschaft schaffen, sich in einer annehmbaren Spielklasse an den Seniorenbereich gewöhnen. Die A-Junioren konnten die Klasse halten, die B-Junioren entgingen knapp dem Abstieg aus der Landesliga. Die C-Junioren erreichten zwar die Aufstiegsrunde, scheiterten aber an den Vertretern der umliegenden Kreise.

Im Jahre 2000 mussten die Senioren nach langer Zeit den Weg in die Bezirksliga antreten. Hatte die Mannschaft in der Hinrunde noch 11 Punkte geholt, kam in der Rückrunde nicht ein einziger mehr dazu. Im gleichen Jahr mussten auch die B-Junioren den Weg zurück in die Bezirksliga antreten. Auf der anderen Seite schafften die C-Junioren im zweiten Anlauf den Wiederaufstieg in die Bezirksliga.